في 20 فبراير 1989 عندما كان الشيخ طنطاوي مفتي الديار المصرية أصدر فتوى يحرم فيها فوائد البنوك والقروض باعتبارها ربا يحرمه الإسلام[5].
وفي شهر فبراير 2003، وقبل احتلال القوات الأمريكية للعراق أقال طنطاوي الشيخ علي أبو الحسن رئيس لجنة الفتوى بالأزهر من منصبه بسبب ما قيل إنه صرح بفتوى يؤكد فيها «وجوب قتال القوات الأمريكية إذا دخلت العراق، وأن دماء الجنود الأمريكيين والبريطانيين تعد في هذه الحالة حلالا، كما أن قتلى المسلمين يعدون شهداء»[6].
وفي نهاية أغسطس 2003 أصدر طنطاوي قرار بإيقاف الشيخ نبوي محمد العش رئيس لجنة الفتوى عن الإفتاء وإحالته للتحقيق؛ لأنه أفتى بعدم شرعية مجلس الحكم الانتقالي العراقي وحرم التعامل معه، وقال شيخ الأزهر أن الفتوى التي صدرت (ممهورة بشعار خاتم الجمهورية المصري وشعار الأزهر) "لا تعبر عن الأزهر الذي لا يتدخل في السياسة وسياسات الدول".[6].
وفي 30 ديسمبر عام 2003[7] إستقبل طنطاوي وزير الداخلية الفرنسي آنذاك نيكولا ساركوزي في الأزهر وصرح طنطاوي أنه من حق المسؤولين الفرنسيين إصدار قانون يحظر ارتداء الحجاب في مدارسهم ومؤسساتهم الحكومية باعتباره شأنا داخليا فرنسيا.[8][9]. وقُوبل هذا التصريح بانتقادات شديدة من قبل بعض الجماعات الإسلامية وعلماء دين[10] ومن المجلس الأوروبي للإفتاء ومن جماعة الإخوان المسلمين [11]. بينما أيده الرئيس المصري حسني مبارك بشكل غير مباشر في تأييده حظر الحجاب بفرنسا، معتبرا أن اختلاف بعض علماء الدين الآخرين معه رحمة، مضيفا أن القرار "شأن فرنسي لا يمكن التدخل فيه" و"أنه ينطبق على المسلمين وغير المسلمين".[12]
وفي 8 أكتوبر 2007 أصدر طنطاوي فتوى تدعو إلي "جلد صحفيين" نشروا أخبارا فحواها أن الرئيس حسني مبارك مريض، وقد أثارت هذه الفتوى غضب شديد لدى الصحفيين[13][14] والرأي العام وطالب النائب مصطفى بكري بعزله[15] وتساءل الكاتب الإسلامي فهمي هويدي عن أسباب صمت شيخ الأزهر إزاء عدد من القضايا المهمة في البلاد مثل "إدانة التعذيب وتزوير الانتخابات واحتكار السلطة والأغذية الفاسدة والمبيدات المسرطنة"، مشيراً كذلك إلى حالة انعدام ثقة المصريين في شهادة شيخ الأزهر الذي على حد قوله "كان أكرم له أن يصمت لأن هناك أموراً أكثر جسامه تستحق تعليقه وكلامه"[15]. وقارن هويدي بين شيخ الأزهر في تحريضه للحكومة على الصحفيين، وبين الرهبان البوذيين في وقوفهم مع الناس ضد حكومتهم، قائلا "إنه ارتدى قبعة الأمن وخلع ثياب المشيخة"، كما وجه له الإخوان المسلمين انتقادات شديدة بسبب هذه الفتوى[16]
وفي 12 نوفمبر 2008 وبعد مصافحته للرئيس الإسرائيلي شمعون بيريز في مؤتمر حوار الأديان الذي نظمته الأمم المتحدة والسعودية بنيويورك تعرض لنقد[17] وقد حدثت مُسائلة برلمانية في مصر حول مصافحته لبيريز وطالبه نواب الإخوان المسلمون بالاعتذار حيث أشار حمدي حسن أن المصافحة أتت في الوقت الذي كانت إسرائيل تفرض حصار على غزة[18] كما إنتقده بشدة الشيخ وجدي غنيم[19] وطالب البعض الآخر بعزله مثل مصطفى بكرى[20][21] وحمدين صباحي الذي كتب منددا في جريدة الكرامة «فضيلة الإمام الأكبر استقيلوا يرحمكم الله» وكتب حمدي رزق في جريدة "المصري اليوم" مقال إلى شيخ الأزهر بعنوان "لا تصافح"[22] مقتبساً هذا العنوان من عنوان قصيدة الشاعر أمل دنقل الشهيرة "لا تصالح" وقد هاجمه بشدة أيضاً حمدي قنديل في برنامجه "قلم رصاص" الذي كان يُعرض على قناة دبي الفضائية وقد برر الإمام الأكبر ذلك بأنه لا يعرف شكل بيريز وهاجمه حمدى قنديل متسائلاً «كيف لا يعلم شكله على الرغم من أن شيمون بيريز قد خطب في مؤتمر حوار الأديان كما أنه في ساحة السياسة الإسرائيلية منذ خمسين سنة تقريباً وقد زار مصر مرات ومرات وظهرت صوره مع رؤساء مصر في الصفحات الأولـى من الجرائد؟»، فيما قالت صحف إسرائيلية أن طنطاوي هو من بادر بمصافحة بيريز[23]
و5 يوليو 2009 ظهرت مطالب برلمانية جديدة تدعو لعزله علي خلفية جلوسة مرة أخرى مع الرئيس الإسرائيلي شمعون بيريز علي منصة واحدة في مؤتمر حوار الأديان الذي عقد في الأول والثاني من يوليو 2009 في كازخستان[21][24]
في 5 أكتوبر 2009 أثار إجباره لطالبة في الإعدادي الأزهري على خلع النقاب زوبعة عند البعض[25] من المؤيدين للنقاب وحالة من السخط العارم بين السلفيين،[26] إلا أن هناك من يرى أن موقف إمام الأزهر لم يكن يستحق كل تلك الضجة خاصة وأنه رأي اجتهادي وأن وراء هذه المواقف حساسيات سابقة معه. بل امتد الأمر إلى اتهام الشيخ بالسخرية من التلميذة الأمر الذي نفاه شيخ الأزهر في تصريحات لاحقة له مؤكدا أن "النقاب حرية شخصية"[27] ولكنه أكد على كونه ليس سوى مجرد "عادة"،[28] رافضا ارتدائه داخل المعاهد والكليات الأزهرية.[29] واثر تلك الواقعة طالب النائب الإخواني حمدي حسن في مجلس الشعب المصري بعزل شيخ الأزهر لمنعه المعلمات المنقبات والطالبات من دخول المعاهد الأزهرية.[30]، إلا أن مجمع البحوث الإسلامية ساند شيخ الأزهر في موقفه وأيده رسميًا في قرار حظر النقاب داخل فصول المعاهد الأزهرية وقاعات الامتحانات والمدن الجامعية التابعة للأزهر [31].
وفاته
توفي صباح يوم الأربعاء 24 ربيع الأول 1431 هـ الموافق 10 مارس 2010 في الرياض عن عمر يناهز 81 عاما إثر نوبة قلبية تعرض لها في مطار الملك خالد الدولي عند عودته من مؤتمر دولي عقده الملك عبد الله بن عبد العزيز لمنح جائزة الملك فيصل العالمية لخدمة الإسلام للفائزين بها عام 2010[32]. وقد صليَّ عليه صلاة العشاء في المسجد النبوي الشريف في المدينة المنورة ووري الثرى في مقبرة البقيع[33]. وقد نعته الفاعليات الإسلامية في مختلف أنحاء العالم الإسلامي خاصةً مصر، حيث أصدرت فيها جماعة الإخوان المسلمين والاتحاد العالمي لعلماء المسلمين ونقابة الأشراف والمجلس الأعلى للطرق الصوفية بيانات عزاء للعالم الإسلامي في وفاة طنطاوي