أظهرت دراسات حديثة أهمية الختان في تقليل خطر الإصابة بفيروس الأيدز بنسبة النصف، حيث بينت ذلك دراسة أجريت سنة 2006 في أفريقيا. وقد أقرت منظمة الصحة العالمية في مارس 2007 الختان رسمياً كوسيلة للوقاية من مرض الايدز[2]. كما طالب خبراء صحة من جنوب إفريقيا في شهر حزيران 2007 بإعداد برنامج للختان الجماعي، بعد أن أظهرت الدراسات أن الختان يقلص من معدل الإصابة بالفيروس المتسبب في الإيدز بنسبة 60%.حيث أن الدعوة ركزت على المواليد الذكور الجدد في المستشفيات العامة في جنوب أفريقيا [3].
صدرت أكثر من 40 دراسة تؤكد أن ختان الذكور يوفر حماية كبيرة ضد الإصابة بفيروس نقص المناعة؛ ففرص إصابة الشخص المختون بالمرض أقل بمرتين إلى ثماني مرات من الشخص غير المختون.[4] فضلاً على ذلك، فإن الختان يحمي أيضاً من الأمراض الأخرى التي تنتقل بالاتصال الجنسي، مثل الزهري والسيلان ،[5]. وبالنظر إلى حقيقة أن المصابين بأمراض جنسية مختلفة لديهم احتمال أعلى للإصابة بالإيدز يتراوح من مثلي إلى خمس امثال احتمال الإصابة بفيروس نقص المناعه [6] فهذا يعني أن الشخص الذي أجرى الختان سيتمتع بحماية أعلى. أحد أكثر الأدلة الطبية إثارة يأتي من دراسة جديدة أجريت في أوغندا للأزواج الذين كانت زوجاتهم مصابات بالإيدز، بينما الأزواج لم يكونوا كذلك.[7]. من هؤلاء الرجال كان خمسون شخصا مختونا و 137 غير مختونين، على مدى 30 شهراً لم يصب أي من الأزواج المختونين، في حين أن 40 من الرجال غير المختونين أصيبوا خلال هذا الوقت.